Schon im Hochmittelalter wurde von Brunnen nach Flüelen mit einfachen Schiffen gefahren, doch die Eröffnung des Gotthardpasses um 1230 brachte der Schifffahrt den eigentlichen Aufschwung.

Erstmals wurde 1554 die Existenz einer Schiffswehri in Brunnen dank eines schriftlichen Hilferufes des Statthalters und Rates von Schwyz an Luzern belegt. Spätestens am 25. Januar 1850 als das Dampfschiff «Gotthard» auf Pfähle vor dem Wehrihaggen auffuhr und stark beschädigt wurde, wussten auch Fremde um die Existenz von Pfahlreihen im See vor Brunnen. Doch erst zwischen 1992 und 1996 konnten diese viel diskutierten und verschieden interpretierten Holzpfähle aus vergangenen Zeit untersucht und datiert werden. Bei den Pfählen vor dem Hotel Waldstätterhof und vor der Fischzucht unterhalb der Schroten handelt es sich um Überreste hoch- und spätmittelalterlicher Hafenanlagen und um Wellenbrecher zum Schutz anlegender Schiffe. Sie stammen zur grossen Mehrheit aus dem 14. und 15. Jahrhundert. Einzelne Pfähle sind als Palisaden mit der Spitze seeauswärts gerichtet und weisen auf militärische Vorkehren hin. Somit konnte nachgewiesen werden, dass Brunnen als Schwyzer Hafenort an der Gotthardroute genutzt wurde.

Als im Jahre 1830 die Gotthardstrasse gebaut wurde, erhielt der Transitverkehr mächtigen Auftrieb. Die Reisenden können nun mit dem Schiff bis nach Flüelen reisen und anschliessend die Postkutsche bis an die italienische Grenze benutzen. Dabei war das Wetter, mitunter der launische Föhn, wohlbekannter Begleiter. Selbst dem Dampfschiff «Stadt Luzern», mit dem am 24. September 1837 der Dampfschiffsbetrieb aufgenommen wurde, konnte der Föhn gefährlich werden. Folglich wurde 1862 der Regierungsrat von Schwyz ersucht, in Brunnen die Errichtung einer föhnsicheren Stelle zu bewilligen. Jedoch konnte erstmals im Oktober 1872 Kapitän Glättli mit dem Dampfer «Viktoria» an der «Föhnbrücke» in der Schroten landen. Weitere Verhandlungen für einen geeigneteren Platz verliefen im Juni 1879 positiv und die Brunner Dorfgemeinde stimmte der Errichtung eines Föhnhafens am heutigen Standort zu. Im September 1879 wurde unter der Leitung des Brunner Architekten Karl Hürlimann mit dem Bau eines befestigten Föhnhafens begonnen.