Die Kapelle in Ingenbohl wird erstmals 1387 in einem Ablassbrief erwähnt. St. Leonhard und St. Pantaleon waren seit jeher die Kirchenpatrone von Ingenbohl.

Bis Anfang des 13. Jahrhunderts war die zu Schwyz gehörende Kapelle dem St. Pantaleon und anschliessend dem St. Leonhard geweiht. Von 1479 bis 1481 wurde an derselben Stelle ein Neubau mit drei Altären erbaut. Diese Kapelle wurde 1607 vergrössert. 1613 wurde der Friedhof angelegt. Ingenbohl konnte sich 1618 von der Grosspfarrei Schwyz trennen und wurde zu einer eigenen Pfarrei. Der Neubau der Pfarrkirche erfolgte zwischen 1658 und 1661. Gleichzeitig wurde auch das Beinhaus erstellt. Der Kirchturm wurde 1832 renoviert. 1927 erhielt der Schwyzer Architekt Josef Steiner den Auftrag, die Kirche zu vergrössern und umfassend zu renovieren. Rund 50 Jahre später, von 1976 bis 1978 sowie 2011 folgten weitere Restaurationsarbeiten.  Die älteste Glocke stammt von 1403.